Francja, połowa XVIII wieku. Młoda dziewczyna, bez powołania, z powodu dawnego przewinienia swej matki i jej wyrzutów sumienia, zostaje zmuszona do wstąpienia do klasztoru. Po dwóch latach nowicjatu, mimo protestów, ma złożyć śluby zakonne. Czując, że nie może poświęcić się służbie Bogu w takiej formie, w dniu ślubowania oznajmia głośno swój brak powołania, wywołując tym skandal. Uwięziona w domu rodzinnym, poddana presji otoczenia, w końcu zgadza się wstąpić do klasztoru.
Opowieść prowadzona jest w formie listu Zuzanny Simonin do człowieka jej życzliwego. Bez ogródek, ale z porażającą dzisiaj, a pewnie i w XVIII wieku także, niewinnością i naiwnością, Zuzanna opowiada o skrzywieniach ludzi odizolowanych od normalnego życia, od codziennego, zwykłego funkcjonowania w społeczeństwie, o ich sadystycznych skłonnościach (jakże łatwo i bezkarnie można znęcać się nad słabszym), o ich praktykach seksualnych (dotyk jest przecież tak niewinny), o braku wolności decydowania o sobie kobiet w tamtych czasach, o naginaniu się do niechcianego życia wbrew naturalnym skłonnościom i tego konsekwencjach.
„Zakonnica” została osnuta na tle rzeczywistego wydarzenia, a o prawdziwości opisanej historii może świadczyć fakt, że powieść ta długo nie mogła zostać udostępniona szerokiej publiczności, że blokowano jej wydanie, słusznie uważając ją za zamach na mieszczańską ciasnotę umysłową i brak poczucia wartości życia ludzkiego i godności człowieka. Diderot brutalnie obnaża osiemnastowieczną obłudną moralność mieszczaństwa i politykę organizacji kościelnych, wbrew słownym deklaracjom nie liczących się z jednostką, ale za cel swój upatrujących jedynie utrzymanie dobrego imienia wspólnoty, nawet kosztem tej jednostki.